Il 12 luglio 1416 a Sant'Egidio avviene lo scontro tra l'esercito braccesco e il partito dei Raspanti appoggiato dal Papa e affiancato da Carlo I Malatesta, nominato Difenditore dei Perugini per la Santa Chiesa. La battaglia si conclude con la vittoria di Braccio che si dirige a Perugia e s'insedia nel Convento di Monte Morcino. Ai Perugini non resta che offrirgli le chiavi della città e la sua signoria.

Nel 1457 viene affidato ai monaci di Monte Morcino il compito di amministrare tutte le proprietà spettanti alla ferrarese Abbazia di Pomposa esistenti sul territorio della Diocesi di Perugia, tra cui il priorato di San Mariano. La disputa in merito al priorato di San Mariano si trascina per anni finchè nel 1561 si adotta una determinazione, ratificata sei anni più tardi, di estinguere ogni obbligo censurale con l'acquisto da parte di Monte Morcino di beni stabili nel territorio ferrarese, da assegnare in perpetuo all'Abbazia, a titolo di risarcimento definitov del censo dovuto.

L'abbazia di Monte Morcino quindi consolida la propria giurisdizione su un ragguardevole patrimonio costituito da numerosi terreni arativi, vigne e oliveti posti nelle pertinenze del castello stesso.

Nel 1585 Paolo III eleva il titolo da priorale ad abbaziale e l'abbazia diviene, negli anni, la sede dello studio di tutta la provincia, arrivando a contare il numero di 25 monaci. Nel 1576 e nel 1580 vi fu tenuto il capitolo generale dell'ordine.

Nel 1739 si inizia la costruzione di un nuovo monastero in città, Montemorcino nuovo e, per riutilizzare il pietrame che a Perugia scarseggiava, viene demolito in gran parte il vecchio edificio.

La chiesa che sopravvive alla demolizione è l'antica sala del capitolo che viene adattata a chiesa, quindi a cantina. E' ornata di archi, cornicione, pilastri e bassorilievi di pietraserena. Il fregio, che corre lungo l'abside, riporta la data del 1847 e il nome del priore Bartolomeo.

Terminata negli anni l'esperienza monacale, l'Abbazia di Montemorcino ha accolto il seminario diocesano di Perugia, tornando ad ospitare una vocazione più tradizionale.

Le due ipotesi più certe sull'origine del nome "Montemorcino" sono accostate al nome di "Murcia", dea dell'ozio e del piacere, e alla tradizione secondo cui Montemorcino fosse il luogo in cui venissero fatti morire i cristiani, e si dicesse perciò Morcinio o Morticinio. Il legame con la dea Murcia si legherebbe alla leggenda che vede in questo luogo sorgere un tempio ad essa dedicato al posto del quale il Cardinale Capocci fece togliere il mirto sacro legato alla dea e vi piantò l'olivo della religione olivetana consacrata alla Grande Madre di Dio, alla quale si pensa fosse dedicata la chiesa. La posizione del monastero come solitaria elevazione prossima alla città era sicuramente adatta ad entrambe le destinazioini allo stabilimento della congregazione degli olivetani.

La Congregazione olivetana è una congregazione monastica dell'Ordine di San Benedetto fondata dal senese Beato Bernardo Tolomei. I monaci olivetani pospongono al loro nome la sigla O.S.B.Oliv e il loro abito è costituito da tonaca, scapolare con cappuccio, cintura, cocolla e mantello bianchi, in segno di devozione alla Vergine.